汤姆做了圣克莱尔家的马车夫，他生活得平静，唯一使他感伤的就是他和妻儿天各一方，无法相见。汤姆的忠实、能干完全赢得了主人的信任，圣克莱尔渐渐地把许多重要事务都交给他办理。汤姆与小伊娃一直相处得非常融洽，汤姆对伊娃充满了怜爱，想尽办法满足她天真的要求。每次从市场上回来，他总要带给伊娃一束美丽的鲜花，还有他精心挑选的桃子或柑桔。伊娃对汤姆也越来越喜欢，她帮助汤姆写家信，用优美的声音给汤姆读圣经，他们两人的友谊随着时间的流逝而不断增长。
可是，好景不长。汤姆到圣克莱尔家两年后，小伊娃就生病了，而且病得十分厉害。她不断地咳嗽，还经常发烧，感到四肢乏力，人也越来越瘦，滚烫的脸上闪着圣洁的光彩。汤姆看在眼里，疼在心上，而最使他不安的是他不能为伊娃帮一点忙，他能做的只是抱着她来回走走，稍微减轻点儿她的痛苦。有一天，伊娃忽然指着被晚霞烧红的天际说：“汤姆叔叔，我要去了，我要到那儿去了，没有多久了。”汤姆那颗忠实的老人的心突然感到一阵刺痛，一种不祥的预感袭扰着他。
大家的祈祷终于没能留住这个可爱的小天使，圣克莱尔和汤姆悲痛万分。小姑娘临终前曾要求父亲给汤姆自由，圣克莱尔本来也讨厌罪恶的奴隶制。伊娃死后，他便着手办理给汤姆恢复自由的各种法律手续，汤姆充满着马上即与家人团聚的渴望。可是，天有不测风云，就在圣克莱尔告诉汤姆一月之后他就能获得自由与家人团聚的那天晚上，这位好心的主人在咖啡店为了两个醉汉劝架，腰上挨了致命的一刀。可怜的汤姆眼见着希望化为了泡影。
冷酷无情的梅丽不顾丈夫和女儿的遗愿，也不听奥菲丽亚小姐的劝阻，决定卖掉汤姆和其他所有的奴隶。奥菲丽亚只好写信给谢尔比太太，让她寄钱为汤姆赎身。但汤姆和其他几个奴隶已被带到奴隶栈房进行拍卖了。
汤姆的新主人路格里先生，是红河岸边的一个棉花种植园主。他矮小壮实，举止粗鲁，长着圆滚滚的脑袋和浅灰色的眼珠，一看就叫人生厌。在路格里种植园里的奴隶过着牛马不如的悲惨生活，汤姆和其他黑奴们整日在监工的皮鞭下进行繁重的劳作。每天天刚破晓，他们便下地，稍有懈怠便会挨打，这样一直要到晚上他们才能拖着疲乏的步子回家。所谓的家，只不过是一些十分简陋的小木屋，里面除了干草堆外别无他物，常常一间屋里要塞几个黑奴。路格里对待奴隶残暴、凶狠，为了不让他们逃跑，他豢养了一群凶猛的狗。
一天，汤姆和一群奴隶正在棉花地里干活，当他看到一个女奴病病歪歪、全身发抖，似乎就要累倒时，就把自己袋里的棉花倒了一些在她的袋子里。这事被监工看见，立即用鞭子抽打了那个女人，又跑到路格里面前告了汤姆的状。
下工后，路格里蛮横的叫住了汤姆，要汤姆鞭打那女人一顿。可汤姆却不软不硬地说：“请求老爷宽恕，这种事情我从没有做过，也做不了。”路格里于是大怒：“没有做过，我也要你学着干！”说罢，手起鞭落，汤姆脸上顿时起了一道血印，但他仍然坚决地说：“老爷，我决不会做，决不会这样做的。”路格里又惊、又急、又气，接着又是一顿鞭打、脚踢，直打得汤姆遍体鳞伤。可是汤姆毫无惧色，他仰望苍天，泪血交流，大声地说道：“你买下了我的肉体，却得不到的我的灵魂，我的灵魂不是属于你的。”
汤姆遭了一场痛打，他的伤还未愈合，就被主人逼着下地干活了。接下来的是日复一日的劳累和痛苦，对亲人的思念和希望破灭后的绝望情绪也深深地折磨着汤姆。汤姆的身体在痛苦劳累中一天天跨下来，但他在内心把自己全部奉献给了永恒的上帝。
一天，在汤姆的协助下两个女奴逃跑了。她们曾邀约汤姆一同逃走，但他坚持要留下来和可怜的黑奴们待在一起。女奴的逃亡使路格里怒不可遏，他进行了一次大搜捕，可是一无所获。他暴跳如雷，把怨气和憎恨一齐发泄在汤姆身上，因为他明白，汤姆知道整件事情。实际上汤姆知道逃亡者的逃跑路线，也知道她们目前藏在什么地方，但他宁死也不愿出卖那个孤苦无依的人。
汤姆被抓到了路格里面前，他感到自己生命的最后时刻来临了。可他平静地面对着暴力，毫不畏惧，心中所有的只是对吃人的奴隶制的愤恨，对凶恶的奴隶主的仇视和对众多黑奴的深切同情。“我什么都知道，老爷，但是我什么也不能说，我宁愿死！”这就是他给路格里的回答。路格里狂怒了。他把汤姆摔倒在地，接着是一场惨无人道的鞭打，直打得老汤姆奄奄一息。
两天后，有位年青绅士驾着一辆轻便马车急匆匆地赶到了路格里种植园，他便是谢尔比先生的儿子乔治少爷。乔治小时和汤姆叔感情深厚，后来因为汤姆被卖才分开。他这次是专程来赎买汤姆叔，接他回家的。
乔治到了路格里家，见到了汤姆叔，可是一切都晚了，汤姆再也活不起来了。但他终于见到了乔治少爷一面，脸上露出了宽慰的笑容。乔治把汤姆葬在一个多沙的小丘上，他跪在汤姆叔叔的坟头说：“我向你起誓，从现在起，我愿尽我的一切力量，把可诅咒的奴隶制度从我们的国土上消灭掉。”
乔治回到自己的庄园后，召集全体黑奴，发给每人一份自由证书，他实践了对汤姆叔叔的承诺。
