士官长追至地球，发现真相先知已经打开空间门进入方舟（位于银河系外），士官长、神风烈士、343罪恶火花和一些人类部队遂尾随而入，而尸脑兽也借助无畏号的跃迁能力进入方舟。但此时真相先知已进入方舟核心----子光环，正要开启剩余的五个光环，尸脑兽派手下与士官长、神风烈士合力，突入控制室，斩杀了真相先知，并将光环关闭。
随后尸脑兽出手攻击二人，二人战败逃走，并从343罪恶火花处得知方舟正在重建4号光环，此时要消灭尸脑兽和洪魔大军，只有倚靠新的4号光环了（方舟能防御光环杀伤是因为远在银河系外，但方舟附近的新4号光环当然可以覆盖方舟）。士官长救下被俘的科塔娜（此时她已经与MB残存的意识合体），并得到其在4号光环上复制的索引器。来到主控室后，343罪恶火花发现由于4号光环尚未建完，强行开启会造成方舟崩溃，于是意欲阻止二人，被士官长击毙。
士官长将新的4号光环开启，方舟附近的尸脑兽和洪魔尽殁，之后方舟和4号光环因强行发动而炸毁，于是银河系内剩余的六座光环也永久失效。二人乘飞船通过空间门返回地球，空间门却突然闭合，将飞船切为两半，身处前段的神风烈士回到地球，告知大家详情，人类与星盟开始和平相处。身处后段的士官长进入一片神秘星域，开始休眠，飞船渐渐飘到了一个有智慧生命的神秘星球……
这里是先驱和先进者所在的“圣地”么？我们拭目以待。
